Да не в пробелах там дело — скорее всего форма ждёт ИИН (12 цифр), а не номер удостоверения, и на казахстанские документы она просто не заточена. В кассу идти смысла мало: кассир вбивает то же самое в ту же систему, разве что у него есть обходной вариант вроде брони на паспорт. За карты казахстанских банков не скажу, сам не проверял, но по-моему проблема тут не в оплате, а раньше — на этапе сохранения пассажира.